主人公（佐井和威）は幼いころ、いつも一緒に遊んでいた幼馴染を交通事故で失ってしまった。「10年間、自分の誕生日にこの神社に参拝し続けてくれたら、神様が3つの願いを叶えてくれるよ！」この約束を胸に、佐井は今年ついにその「約束」を果たし、何の期待もせずに「もう一度亡くなった彼女に会えること」を願ったが、案の定、神社を出ても何も起こらなかった。

帰宅した佐井のもとに謎の【大きな卵】が届けられた。しかし、怪しい宅配業者が誤って配達されたと言い張り、強引に持ち帰ろうとする。奇跡を信じた佐井は、その【大きな卵】を受け取り、割ってみることを決意する。卵を割ると聖石を持った少女【赤ちゃん】が飛び出し、すぐに巫女の姿に変身した。亡き幼馴染「覡神嬋」とそっくりな姿を見た佐井は強い衝撃を受け、「俺の誕生日プレゼントは、本当に死んだ幼馴染なのか！？」と叫ぶ。

彼女は、この平行世界を救うために時空を越えてこの世界に来た。平行する時空では大量の「真知」を消費するため、できるだけ【赤ちゃん】の姿で活動しなければならない。新しい1年の始まりに、亡くなった幼馴染【赤ちゃん】と共に世界を救う物語が今始まる！